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title: "Créer un rapport PDF"
subtitle: "Comment transformer votre travail d'analyse de données en un rapport rapide et publiable"
format:
  typst:
    toc: true
    number-sections: true
execute:
  echo: false
---

# À propos de ce notebook

Ce notebook est un **guide pratique rapide pour produire un rapport PDF** à partir d'un flux de travail d'analyse de données. Il présente les concepts clés pour définir le format du rapport et ses différents éléments de section.

::: markdown-text
**Avant de commencer**

Si vous venez d'ouvrir ce fichier dans RStudio, vous pouvez cliquer sur le bouton *Visual* en haut à gauche de la fenêtre du notebook (à côté de *Source*). Cela vous permettra de travailler dans un environnement de type notebook, où les sections de texte, de code et de résultats sont clairement visibles.
:::

## 1. Qu'est-ce que Quarto ?

**Quarto** vous permet de combiner texte, code, figures et tableaux dans un seul document (avec l'extension/le format de fichier `.qmd`), que nous appelons un *notebook.*

[Vous pouvez en savoir plus sur Quarto ici (en anglais).](https://quarto.org/)

Les étapes de base sont les suivantes :

1.  Créez un fichier `.qmd`.
2.  Rédigez votre texte et votre code.
3.  Au début de votre fichier, dans la section YAML, définissez `format: typst`.
4.  Générez le document (« Render »).
5.  Quarto produit un PDF.

## 2. Enregistrer votre fichier `.qmd`

::: callout-warning
N'oubliez pas : la bonne pratique consiste à **créer un dossier de projet** dans lequel vous stockez votre notebook `.qmd`, vos données et vos résultats, avant de commencer votre analyse.

Ainsi, vous pouvez facilement retrouver tous les documents et données de votre projet au même endroit, et définir le répertoire de travail de votre session R sur ce dossier (**Session \> Set Working Directory \> Choose Directory**). Voir l'exemple ci-dessous.
:::

::: .text
my_restoration_project/ \
├── data/ \
└── outputs/
:::

##  3. Modifier le YAML

Au début du fichier, Quarto ajoute automatiquement un en-tête YAML de base comme celui-ci :

``` yaml
---
title: "Untitled"
format: html
---
```

Nous voulons ajouter quelques paramètres pour que Quarto sache exactement quel type de rapport nous souhaitons créer. Nous pouvons indiquer le format avec `format: typst`, afin que Quarto crée un PDF à l'aide de *Typst.*

**Typst** est un système de composition que Quarto peut utiliser pour produire des documents PDF sans nécessiter l'installation d'autres logiciels ou distributions.

Typst vous permet de personnaliser le style et la mise en page de votre rapport PDF de nombreuses façons, souples et esthétiques. [Pour en savoir plus sur la personnalisation de votre rapport avec les paramètres YAML, cliquez ici (en anglais).](https://quarto.org/docs/output-formats/typst.html) Voir ci-dessous pour un exemple rapide.

Nous pouvons aussi demander d'inclure une table des matières (`toc: true`), de numéroter les sections du rapport (`number-sections: true`) et de choisir le nombre de colonnes souhaité (`columns: 2`).

---
title: "Untitled"
author: "Untitled"
format:
  typst:
    toc: true
    number-sections: true
    columns: 2
---

Nous pouvons également générer notre rapport Quarto dans d'autres formats, comme le HTML. Il suffit de remplacer `format: typst` par `format: html`.

## 4. Ajouter du texte

Écrivez du texte normal sous l'en-tête YAML. Par exemple :

Ce rapport explore l'évolution de la végétation dans la zone d'étude. L'analyse utilise des indices de végétation dérivés de données satellitaires et de simples statistiques descriptives.

Utilisez `#`, `##` et `###` pour créer des titres.

## 5. Ajouter du code R

Le code se place dans une cellule de code. Les cellules de code sont toujours « délimitées » par trois accents graves (backticks), comme dans l'exemple ci-dessous.

Un raccourci rapide pour ajouter une cellule de code est `ctrl+alt+i`.

```` markdown
```{r}
x <- c(10, 15, 12, 18, 20)

mean(x)
```
````

Lorsque le document est généré, Quarto exécute le code et inclut les résultats. Vous pouvez masquer le code et n'afficher que les résultats en ajoutant `#| echo: false` en haut de la cellule de code :

```` markdown
```{r}
#| echo: false

mean(x)
```
````

## 6. Générer le PDF

Enregistrez votre fichier `.qmd` et générez-le.

**Depuis RStudio :**

Cliquez sur Render : vous verrez un bouton « Render » accompagné d'une petite flèche bleue, en haut à gauche du ruban de la page.

Quarto créera votre rapport PDF et l'enregistrera dans votre dossier de projet.

## MODÈLE

Une fois que vous avez compris la structure de base, vous pouvez démarrer vos futurs rapports à partir de ce modèle :

```` markdown
---
title: "Mon rapport"
author: "Votre nom"
format:
  typst:
    toc: true
    number-sections: true
---

## Introduction

Rédigez votre introduction ici.

## Données

Décrivez vos données ici.

```{r}
# Charger les packages
library(tidyverse)
```

```{r}
# Lire les données
data <- read_csv("data/my_data.csv")

head(data)
```

## Résultats

Décrivez vos résultats ici.

```{r}
# Exemple d'analyse
summary(data)
```

## Conclusion

Résumez ici les principales conclusions.
````